匡武帝之后，更加隐蔽的导师制取代了之前的制度，成为辰月的组织制度。单线联系的方式不但隐蔽，也比先前更加直接与有效率。辰月教众以倒置的树形结构分散开来，秘密地执行各自的使命。在匡武帝时的损失使得辰月教众更加谨慎，不愿再将赌注押在一个人身上，而是希望遵从教义，分别支持各种势力。同时由于大量辰月教众被清宗剿灭，人手极度匮乏，辰月不得不在内部重整结构的同时放松对外围成员的遴选。基于以上种种原因，以及根据新制定的六条原则，某位不知名的辰月教宗想出了名为“种子”的制度。
所谓“种子”制度，实际是辰月基于导师制的一套渗透计划。辰月教的导师们在完成对年轻弟子的基础教育后，便将他们安插在将来的重要人物身边，接近他们并试图用各种方法操控他们。辰月教摒弃了匡武帝时毕其功于一役的简单急躁做法，所有的“种子”最初需要做的只是接近这些重要人物并试图攫取更多权力，与一般有着上进欲望的世家子弟并无二致，直到导师觉得合适的时机已经到来并对“种子”做出进一步指示。就像启动了某种指令，潜伏的“种子”开始“发芽”，从小受到辰月影响的弟子们将在“发芽”过程中用行为实践他们的信仰，为此甚至不惜付出巨大的代价。辰月教相信，每一次“发芽”都使得整个九州大地离平衡更近了一步。“发芽”是“种子”走上辰月之路至关重要的一步，只有经过“发芽”的“种子”才被辰月教承认与相信，并继续进行教义与秘术的培养。有些“种子”因为需要而埋藏得很深又或者是因为能力、信仰不够而被导师抛弃，终其一生都没有一次“发芽”的机会。而“种子”与“种子”之间，往往也互相并不知道对方的存在；辰月教相信，不知情条件下的自然反应与种子之间可能发生的冲突，会更利于平衡的实现。
“种子”制度为在匡武帝时期大大削弱的辰月教提供了喘息与生长的机会，相较于核心的长老而言，年轻弟子即时失败，也是轻得多的损失；而相对隐蔽的行动方式，也使辰月自身更加安全更容易达到目的。
通过“种子”制度，辰月就像躲在幕后用星辰傀儡线控制玩偶的秘术士，暗暗地操纵着九州的局势朝着自己期望的方向前进。
