对比天驱武士团“游侠”一般的“守护安宁”的理念，辰月教则是一个更容易获得某些统治者青睐的宗教系统。因为他们不亲近平民，他们具备更加完备的组织和权力系统，下级对上级的绝对服从构建了一个有效的多级组织。
“辰月教主”是这个组织的最高领袖，但是历史上几乎没有什么记载说明人们亲眼目睹了教主的存在。三位“大教长”组成的“教长团”是教内的权力核心，教长团的核心人物被称为“教宗”。教长团负责所有重要的决议，他们每个人拥有一支对自己负责的队伍，三支队伍被称为“阳”、“阴”、“寂”，分别代表太阳、双月和谷玄，这三支队伍的首领被称为“教司”，换而言之，一名教长对应一名教司。教司带领的队伍会及时把消息传递给教长，教长们做出决议之后，由教宗发布。
少数的时代，当一位教宗具备绝高的地位和绝大的力量之后，他往往晋升为半神一样的人物，很少再负责俗世的事务，这时候他会被尊称为“大教宗”，其他的两位教长受他的制约，执行他的命令。这时，权力平衡就被打破了，但是这种情况往往发生在教派内部出现极为强势的人物时，或者教派遇到极大发展契机的时代。
“阳”、“阴”、“寂”三支核心的队伍分别负责不同的事务。“阳”是最大的一支，代表了教派的组织和运作，围绕在权力核心周围的辰月教徒多数都被纳入这个队伍。
辰月教徒有高到低分为“墟藏”、“执守”、“思玄”、“知闻”、“听义”五个品阶。如果只是初入门根本无从接触辰月复杂的权力系统的教徒，统统被称为“目垂”，意思是说低眼才能看到的芸芸众生。五个品阶的高级教徒又被细分为十等，每阶两等，比如听义分为“初听义”和“大听义”，“思玄”也分为“初思玄”和“大思玄”。品阶等级低的教众在没有明确分工的情况下，无条件地服从高级的教众，不服从的惩罚相当严厉。低阶的教徒也要主动向高阶的教徒表示敬意，高阶教徒则有义务指导低阶教徒秘术和教义。
但是就像前述的，真正的教义是什么，始终是个谜。所以也很难说谁在教义上的研究更加透彻，辰月区分教众品阶主要还是取决于秘术，高阶教徒往往都比低阶教徒拥有更加强大的力量，而教司教长们的实力则堪称“可怖”了。
“阴”则是宗教法庭，在“阳”的处置决断不能使教内群众信服的时候，他们会向教廷请愿，这个时候“阴”的出面就是必然的了。“阴”会派遣一个全权小组——全部由高价教众组成——根据教义做出判断，然后把处断结果报告给教长团。教长团无权更改这个结果，除非当代的教宗极度强硬，例如古伦俄便是一位强硬的大教宗。
这样一支教廷队伍还是会有不能公正处置的时候，教长团可以直接命令重新审判；或者这起宗教诉讼的当事人表示不服从，此时就要依赖最后的强势团体——“寂”。
最为神秘的队伍“寂”通常都是掌握在教宗手里，只有一类情况可以清楚地看出“寂”的作用，就是当“阴”对“阳”的教令发出了诘难，而“阳”不信服“阴”的判断，宗卷就会被递到“寂”面前，最终的裁决者是“寂”和掌管它的教宗。当然，事实上“寂”的权力应该远远不止是最终的仲裁。“寂”是整个教派中最小的一支队伍，但是几乎汇集了顶尖的秘术大师，而他们多半的时间只是用于冥想，或者等待秘密的指令。
这一套组织制度是从古伦俄执掌辰月的时代归纳出来的，据传源自古老的晁王朝刑律。而在辰月自我隐藏的时代，它们执行什么样的权力制度就是一个谜了。
